PARTE 4:

Já em Konoha, siga para um mapa a frente e depois para a esquerda. Você se encontrará com Shino, Kiba e Hinata. Continuando, vá para o escritório Hokage para se preparar para mais uma missão, após falar com Tsunade saia do escritório Hokage e prossiga para a saída de Konoha, fale com o ponto Kurenai e siga seu grupo para a entrada do deserto, chegando lá, vá até vermelho e encontre novamente o Kurenai & cia. Você voltará para Konoha. Devolta, siga em direção ao escritório Hokage para se encontrar com Shikamaru, Chouji e ter uma pequena batalha com Sai. Após a sua pequena briguinha, siga para o escritório Hokage, lá você encontrará os novos personagens Sai e Yamato, que estarão liberados após a cena.
Seguindo para a saída de Konoha, finalmente se dará início a nova missão. Chegando a entrada do deserto, siga agora para a direita e prossiga no unico caminho. Continuando SOMENTE pela direita, você se encontrará com dois ninjas da vila da areia que não te deixarão passar. Para passar, obviamente, prescisa-se de uma autorização que pode ser adquirida na vila da areia mais próxima de sua casa. Em direção ao escritório Kazekage, você encontrará Baki para te dar a tal autorização, fale com ele e siga para a saída de Sunagakure. No caminho você encontrará um travesti.

Ele irá te pedir para que você derrote os inimigos. Vá ao mapa em que os ninjas da vila da areia estão bloqueando o seu caminho, só que ao invés de ir pela direita, entre no mapa a esquerda. Derrote os inimigos e volte para sunagakure. Devolta na vila da areia, fale com o cara vestido com roupa de mulher e derrote seus capangas. Os ninjas da areia irão aparecer e finalmente, o caminho para prosseguir na missão estará liberado.

PARTE 5:

Prosseguindo pelo único caminho a sua frente, chegando perto da entrada do esconderijo da Akatsuki, uma cena irá acontecer. Lute com Yamato, como um treino e após a cena, continue pelo caminho a sua frente. Entre no esconderijo da Akatsuki e vá para perto do selo que está na parede. Um clone de Naruto e um clone de Sakura irá aparecer e você deverá lutar contra eles. Fora do esconderijo, siga para o local a direita do mapa, onde teve a contagem regressiva com as aranhas de Deidara. Entre na primeira direita e aparecerá outra cena. Continue pelo caminho e chegue na ponte onde irá acontecer a batalha entre Kabuto e Yamato. Após a batalha, veja a cena e Naruto irá se transformar em Naruto-Kyuubi 4 caldas, vença Orochimaru e veja mais uma cena. Passe da ponte e fale com Yamato (o pontinho vermelho do mapa), você irá lutar contra Orochimaru e Kabuto. Após vencê-los, vá até o final do mapa e entre na caverna de Orochimaru. Prossiga na caverna sem entrar em nenhuma porta, até o meio dela. Lute contra Sai, seguindo, prossiga a caverna até o final do corredor, vá até a penultima porta (a da esquerda) e derrote os ninjas de la dentro. Volte para a porta da direita (a primeira) e pegue o baú. Entre na última porta e lute contra Sasuke, veja a cena, lute com ele de novo, libere-o acabou-se. OBS: para liberar Sasuke, tem que salvar depois de terminar o jogo , no save point de konoha (qualquer um).