O jogo começa com aquela faladeira entre naruto e sasuke.Depois da cena, fale com Jiraya e Sakura. Adiante, siga para o escritório Hokage, lá entrará uma cena.
Agora Sakura está na sua parte vá para o campo de treinamento e veja mais uma cena, iniciará uma luta contra Kakashi, apenas vença. Depois de pegar os guizos, saia do campo de treinamento e um homen irá falar com você. Ele irá te pedir para pegar algo, vá ao lado do save point do mesmo lugar e pegue a bola brilhante, volte até o homen e fale com ele novamente. Volte até o Ichikaru Ramen e você encontrará Iruka parado em frente, uma cena irá aparecer. Agora você chega na parte em que Deidara seqüestra Gaara, lute com ele, apenas vença . Você liberará Deidara. Depois da cena, você estará no comando de Kankuro e sua missão agora é ir atraz de Gaara. Saia da vila da areia e uma contagem regressiva se iniciará, siga os rastros de Sasori para achar Sasori e Deidara, aparecerá uma cena e uma luta com Sasori se iniciará, apenas vença. Sasori agora é selecionável no modo versus.

PARTE 2:

Depois da cena, você volta a comandar Naruto. Vá até o escritório Hokage para mais uma cena, lute com Jiraya, apenas vença. Saia do escritório Hokage e volte. Agora você deve ir para a vila da areia. Saia de Konoha e siga o único caminho até chegar ao deserto, no caminho você enfrentará ninjas toscos e ridículos que só fazem você perder tempo. Chegando na entrada do deserto, siga a frente pela esquerda, vá seguindo pelo unico caminho até chegar na vila da areia. Continue o caminho até chegar em Baki para receber a missão, após isso, vá até o ponto vermelho do mapa e converse com uma mulher. Volte para a entrada do deserto, você encontrará um ponto vermelho no meio do mapa. Seguindo até ele verá que o comerciante está sendo assaltado bata nos ladrões. Uma cena irá aparecer e você estará de volta a vila da areia. Fale com Sakura e parta para o resgate! Saia da vila da areia para mais uma cena, encontra a chyo-baa. Volte até a entrada do deserto novamente, só que dessa vez seguindo pelo caminho da direita. Aparecerá uma cena e uma luta contra Kisame se iniciará, derrote-o com Gai. Kisame agora é selecionável. Voltando ao grupo de Naruto, continue pelo caminho a seguir até encontrar 2 caminhos, vá pelo caminho da esquerda até aparecer a cena. Você não poderá prosseguir ainda, deve falar com o ponto vermelho que está no mesmo mapa. Uma contagem regressiva irá se iniciar e você deve ir ao ponto vermelho no meio do mapa para encontrar outro ninja da vila da areia. Agora sim você pode prosseguir. Adiante no caminho você encontrará Itachi. Vença-o com Naruto e depois da cena vença-o com Kakashi. Itachi agora é selecionável.

PARTE 3:

Após a cena, siga o caminho para o esconderijo da Akatsuki. Uma outra cena irá aparecer e você agora estará comandando Neji, use o byakugan (triangulo) para localizar a tarja, que fica no canto superior esquerdo da tela, avistando-a , aperte L1 e acerte uma shuriken nela. Um clone de Gai irá aparecer, derrote-o usando Gai. Ainda no comando de Neji, use o byakugan para localizar uma outra tarja, que fica no canto superior direito da tela, aperte L1 e acerte uma shuriken na tarja. Um clone de Tenten irá aparecer, derrote-a usando Tenten. Novamente com Neji, use o byakugan para localizar a tarja que fica no canto inferior esquerdo da tela, aperte L1 e acerte uma shuriken na tarja. Um clone de Lee irá aparecer, derrote-o usando Lee. Mais uma vez com Neji, use o byakugan e localize a tarja que está no canto inferior direito da tela, aperte L1 e acerte uma shuriken na tarja. Nem presciso citar com quem você vai enfrentar. Após a cena, siga para o esconderijo da Akatsuki e selecione a primeira opção. Uma nova cena irá se iniciar junto com uma batalha entre Naruto e Deidara, apenas vença. Novamente uma cena, seguida de uma batalha entre Sakura e Sasori, apenas vença. Voltando a Naruto e Kakashi, siga pelo caminho em que ambos estão parados em frente. Uma contagem regressiva irá se iniciar ,vá até o final da estrada de pedra, com cuidado para não tropeçar nos pássaros de Deidara. Uma cena irá se iniciar. Ao final da cena, haverá uma batalha entre Chyo-baa e Sasori sem a forma Hiruko, vença. Mais uma luta entre Sasori e Sakura, vença-o e desabilite Sasori. De volta a Deidara & cia, haverá uma batalha entre Kakashi e Deidara. Resgatando Gaara , Naruto irá ficar com o chakra da Kyuubi, vença Deidara novamente e veja a cena.

Já em Konoha, siga para um mapa a frente e depois para a esquerda. Você se encontrará com Shino, Kiba e Hinata. Continuando, vá para o escritório Hokage para se preparar para mais uma missão, após falar com Tsunade saia do escritório Hokage e prossiga para a saída de Konoha, fale com o ponto Kurenai e siga seu grupo para a entrada do deserto, chegando lá, vá até vermelho e encontre novamente o Kurenai & cia. Você voltará para Konoha. Devolta, siga em direção ao escritório Hokage para se encontrar com Shikamaru, Chouji e ter uma pequena batalha com Sai. Após a sua pequena briguinha, siga para o escritório Hokage, lá você encontrará os novos personagens Sai e Yamato, que estarão liberados após a cena.
Seguindo para a saída de Konoha, finalmente se dará início a nova missão. Chegando a entrada do deserto, siga agora para a direita e prossiga no unico caminho. Continuando SOMENTE pela direita, você se encontrará com dois ninjas da vila da areia que não te deixarão passar. Para passar, obviamente, prescisa-se de uma autorização que pode ser adquirida na vila da areia mais próxima de sua casa. Em direção ao escritório Kazekage, você encontrará Baki para te dar a tal autorização, fale com ele e siga para a saída de Sunagakure. No caminho você encontrará um travesti.

Ele irá te pedir para que você derrote os inimigos. Vá ao mapa em que os ninjas da vila da areia estão bloqueando o seu caminho, só que ao invés de ir pela direita, entre no mapa a esquerda. Derrote os inimigos e volte para sunagakure. Devolta na vila da areia, fale com o cara vestido com roupa de mulher e derrote seus capangas. Os ninjas da areia irão aparecer e finalmente, o caminho para prosseguir na missão estará liberado.

PARTE 5:

Prosseguindo pelo único caminho a sua frente, chegando perto da entrada do esconderijo da Akatsuki, uma cena irá acontecer. Lute com Yamato, como um treino e após a cena, continue pelo caminho a sua frente. Entre no esconderijo da Akatsuki e vá para perto do selo que está na parede. Um clone de Naruto e um clone de Sakura irá aparecer e você deverá lutar contra eles. Fora do esconderijo, siga para o local a direita do mapa, onde teve a contagem regressiva com as aranhas de Deidara. Entre na primeira direita e aparecerá outra cena. Continue pelo caminho e chegue na ponte onde irá acontecer a batalha entre Kabuto e Yamato. Após a batalha, veja a cena e Naruto irá se transformar em Naruto-Kyuubi 4 caldas, vença Orochimaru e veja mais uma cena. Passe da ponte e fale com Yamato (o pontinho vermelho do mapa), você irá lutar contra Orochimaru e Kabuto. Após vencê-los, vá até o final do mapa e entre na caverna de Orochimaru. Prossiga na caverna sem entrar em nenhuma porta, até o meio dela. Lute contra Sai, seguindo, prossiga a caverna até o final do corredor, vá até a penultima porta (a da esquerda) e derrote os ninjas de la dentro. Volte para a porta da direita (a primeira) e pegue o baú. Entre na última porta e lute contra Sasuke, veja a cena, lute com ele de novo, libere-o acabou-se. OBS: para liberar Sasuke, tem que salvar depois de terminar o jogo , no save point de konoha (qualquer um).

Para liberar duplas para escolher no modo versus você tem que vencer os personagens do naruto que aparecem durante o modo RPG, os mokuton henge, porem nem todos serão duplas.
LOCALIZAÇÃO DOS MOKUHENGE:

ANTES DE MAIS NADA UM AVISO: Alguns bunshins só aparecem depois que você mata algum certo outro… RECOMENDO que siga a ordem abaixo.

Jiraya - Dentro do escritório Hokage (obrigatório enfrentá-lo).

Sakura Shippuuden - Em direção ao campo de treinamento, um mapa antes a esquerda.

Ino Shippuuden - Em direção ao campo de treinamento, um mapa antes a esquerda.

Ino - Perto da barraquinha de churrasco em Konoha, direção ao campo de treinamento.

Rock Lee - No mapa do savepoint de konoha, direção ao campo de treinamento.

Anko - Proximo ao lago onde pega os guizos de kakashi no accel 1.

Sakura - Em frente a loja de Konoha.

Neji - Em frente ao escritório Hokage.

Naruto Shippuuden - Em cima do escritório Hokage.

Nidaime - Em frente ao escritório Hokage.

Asuma - Em frente ao memorial.

Shizune - Próximo ao lago onde pega os guizos de Kakashi no accel 1.

Tenten - Um mapa antes da entrada da vila da areia.

Chyo-baa - Na entrada da vila da areia.

Kankuro - Na vila da areia.

Temari - Na vila da areia, segundo mapa.

Gaara Shippuuden - em cima do escritório kazekage.

Chouji Shippuuden - Seguindo a direita da entrada do deserto.

Rock Lee Shippuuden - Segunda parte grande do deserto, antes do caminho até a akatsuki.

Kankuro Shippuuden - A esquerda da segunda parte grande do deserto.

Hinata Shippuuden - A caminho do esconderijo da akatsuki, depois do deserto.

Kakashi - A caminho do esconderijo da akatsuki.

Neji Shippuuden - No mapa das tarjas que houve a luta dos clones do time Gai.

Shikamaru Shippuuden - Um mapa antes da entrada do esconderijo da Akatsuki.

Haku - Na entrada do esconderijo da Akatsuki.

Chyo-baa - No esconderijo da Akatsuki.

Zabuza - Na entrada do esconderijo da Akatsuki.

Kiba Shippuuden - No mapa onde houve a contagem regressiva onde naruto perseguia Deidara.

Shino Shippuuden - No mapa onde Naruto lutou com Deidara.

Deidara - No mapa onde houve a contagem regressiva onde naruto perseguia Deidara.

Sakon/Ukon - A caminho da ponte céu e terra.

Sasori Hiruko - Na ponte céu e terra.

Kimimaro - Antes do esconderijo de Orochimaru, num campo aberto que tem o save point.

Itachi - Na ponte céu e terra.

Kisame - A caminho da ponte céu e terra.

Sasori - No esconderijo da Akatsuki.

Tayuya - Um mapa antes da entrada do esconderijo da Akatsuki.

Kidoumaru - No mapa das tarjas que houve a luta dos clones do time gai.

Gai - Segunda parte grande do deserto, antes do caminho até a akatsuki.

Jiroubou - Seguindo a direita da entrada do deserto.

Shino - Na segunda parte da floresta, antes da entrada do deserto.

Sai - Segundo mapa afora de konoha a caminho da floresta.

Hinata - Em frente ao portão de konoha.

Naruto - Perto da saída de konoha.

Kurenai - A caminho do esconderijo da akatsuki, depois do deserto.

Shodaime - Entrada da floresta.

Sandaime - Em frente ao memorial.

Tsunade - Em cima do escritório Hokage.

ASSISTS QUE SÓ SERÃO LIBERADOS QUANDO COMPLETAR O RPG MODE DE SASUKE:

Sasuke - Que se encontra no primeiro quarto do esconderijo de Orochimaru.

Sasuke Shippuuden - Que se encontra depois da porta que estava trancada.

Kabuto - Que se encontra perto da entrada do esconderijo de Orochimaru.

Orochimaru - Que se encontra aonde você batalhou com Sasuke.

Missão do Jiraya – Fale com Ebisu

Fale com Ebisu que se encontra no campo de treinamento ao lado de Gai

Missão do Iruka-Lute contra 100 inimigos

Iruka se encontra na entrada da esquerda da barraquinha de churrasco
aconselho que você antes passe em shizune, e consiga pessoas para seu grupo

Missão da velhinha-Encontre seu neto

A velha  se encontra perto da saída de konoha , ela vai pedir pra você encontrar o neto dela O neto da velha se encontra perto do escritório Hokage.

Missão da Shizune-Ache os orbs

Fale com Shizune que fica próximo ao lago de konoha, ela vai te pedir para encontrar 4 orbs que ficam no mesmo mapa aconselho usar Neji, ou alguém que tenha habilidade de detectar depois de encontrar os 4 orbs fale com ela de novo e saia do mapa, uma jounin vai cair deitada e falar algumas coisas… selecione a segunda opção

Missão do velho-Encontre os 24 orbs espalhados pelo mapa

No começo são somente 20, após você encontrar 15 (ou 14 , não lembro) volte a konoha e fale com o velho novamente, Tsunade irá aparecer e você deverá achar até o 19º orb. Achando todos os orbs , volte a falar com o velho e tsunade irá aparecer e te dar mais 5 orbs. Se essa missão não tiver completa, eu vo posta o resto depois OBS: Os orbs estão espalhados por todo o mapa do jogo.

Missão do Gai-Derrote as equipes

Gai se encontra no campo de treinamento, vá completando os desafios que ele lança… bem fácil, mas demorado…

faça o primeiro desafio completo, o segundo você faz até achar que deva parar

não é nescessário fazer o terceiro

Missão do Lee - Ache e fale com Sakura

Lee irá pedir para que você mande uma mensagem para Sakura, ela se encontra em frente ao escritório Hokage. Depois de falar com ela, fale com Lee novamente, volte a falar com Sakura e escolha a SEGUNDA opção. Depois fale com Lee de novo e finished.
Suba na rampa ao lado do escritório Hokage, depois da faladeira, vá ao campo de treinamento. Você encontrará uma menina, e depois Sakura.

Vá para a vila da areia, fale com kankuro e ele te dará uma missão, volte a konoha

Hinata te dará uma outra missão, siga para a floresta e fale com o inimigo perto do final do mapa, nao é nescessário enfrentar todos os inimigos.

Voltando para a missão de Kankuro, você deverá achar alguns baús (penei muito pra achar todos)

1º esta à esquerda da segunda parte grande do deserto
2º esta dentro da lojinha de konoha
3º esta onde houve a luta de naruto e deidara
4º esta na entrada do esconderijo de orochimaru
5º esta no lago de konoha

Volte para falar com Kankuro. Com a missão quase feita, volte ao campo de treinamento em konoha e encontre a menina novamente.

Missão do Kakashi:

Converse com Kakashi do lado da barraquinha de churrasco em konoha.Após ter recebido a missão, vá na entrada de konoha e fale com Jiraya 2 vezes, ele estará em sua equipe. Depois va para a esquerda da segunda parte grande do deserto.Lute com a Sakura e volte pro portão de konoha. Voce vai encontrar a Shizune la e vai luta com ela. Depois que acabar a luta vá onde você encontrou kakashi e verá que na verdade era a tsunade. Voce tem que ganhar a luta usando um jutsu.

Missão do Neji e da Tenten:

VOCÊ NÃO PODERÁ FAZER ESSA MISSÃO SE NEJI ESTIVER NO SEU GRUPO!
Neji e Tenten se localizam no campo de treinamento, fale com eles e fuja dos inimigos até o tempo acabar.

Missão do Gai:

Converse com Gai no campo de treinamento. Ele te mandará atras do kakashi que está na entrada de konoha. Converse com Kakashi e volte até Gai.
Venca a luta usando um jutsu e acertando pelo menos 3 kawarimi.

Missão do mensageiro:

Va para a entrada de konoha e converse com um homem de preto. Ele te mostrara uma carta, quando aparecer para escolher as opçoes, escolha a 1ª. Apos isso va no escritorio Hokage e fale com ela. Em seguida va onde Naruto lutou com Sasuke e pegue o orb em frente a cobra, volte pro escritorio Hokage. Fale com ela e você estara jogando com o Sasuke.

Quando o modo RPG de sasuke se iniciar, vá até a porta que estava trancada , ela se localiza no meio da caverna. Continue prosseguindo pelo unico caminho a sua frente até encontrar um mapa com um X no caminho. O portão estará fechado, volte um pouco a sua direita e acerte uma kunai no selo que está na parede (usando o L1).

Prossiga desviando das armadilhas e trilhe o caminho à sua esquerda, chegando em frente a parede aperte triângulo e quebre-a, acerte a kunai no selo e você abrirá mais um portão. Seguindo agora para o caminho principal, acerte o Selo que está AO LADO ESQUERDO do buraco a sua frente (ele fica no meio do mapa). Uma ponte irá descer e você poderá proceguir adentro da caverna.

Um poco mais a sua frente, você se cruzará com um campo de tarjas explosivas. Apenas acerte uma kunai em qualquer uma e todas se explodem. Prossiga no unico caminho a sua frente até encontrar novamente um mapa com X bloqueando seu caminho, vá até a extrema inferior direita e você encontrará um selo (tomando cuidado com as tarjas explosivas). Vá até a outra parte inferior, meio que no meio, meio que na esquerda , e quebre a parede com triângulo novamente. Acerte o selo e continue pelo elevador.

Novamente em um outro mapa com dois X , acerte o selo que fica à esquerda, prossiga pelo caminho aberto e quebre a parede com chidori, acerte mais um selo e prossiga novamente pelo caminho aberto. Caso você queira, tem um baú no meio do mapa, ele está aberto após seguir esse procedimento.

Seguindo para o próximo, existe um baú na inferior direita do mapa, a parede pode ser quebrada com chidori. Seguindo para o caminho principal, desca a ponte da esquerda com um selo que está ao lado esquerdo dela, vá la e pegue mais um baú, siga pela direita e prossiga no caminho.

Caminho a frente, vá pela inferior esquerda até chegar no final dela, use o triângulo e sasuke irá arremesar uma fuuma shuriken, prossiga pelo caminho do meio.

Chegando ao mapa do save point, agora irá ter um mapa 5 caminhos trancados, liberte o selo à sua frente e siga para a direita pelo caminho aberto, acerte mais um selo e suba pelo caminho aberto. Novamente um selo , novamente um gaminho. vá para cima , liberte o ultimo selo e continue. Há uma parede que não pode ser quebrada com o chidori A NAO SER que ele esteja no nível 3.

Mini-Tutorial de como por o chidori nível 3

Aperte Start e vá no menu à direita dos items, é um ícone de alguns pergaminhos coloridos. Selecione o Sasuke e veja a primeira opção.

Irá aparecer seus atributos que podem ser distribuidos conforme seus pontos, esses pontos são obtidos quando você vence uma batalha contra aqueles inimigos, você deve distribuir o 2º atributo até 35 e o terceiro até 38. Se não conseguir, vá lutando até conseguir os pontos.

Continuando, você irá proceguir até uma outra parede que não pode ser quebrada com chidori A NAO SER que ele esteja no nível 3.

Prossiga fazendo o mesmo de sempre, quebrando paredes, liberando selos e continuando no caminho , sem esquecer os baús (sempre confira o mapa e quando tiver absoluta certeza de que pegou os baús do mapa, siga para o próximo) até chegar à ultima sala, uma animação de Sasuke irá aparecer , lute contra orochimaru, uma animação irá aparecer e você voltará a jogar com Naruto.

Fale com Tsunade novamente e ela irá pedir para você montar o time: Sakura, Sai e Yamato.

Fale com Shizune e ponha Sakura e Sai no seu grupo principal , e Yamato no ultimo slot, fale com Tsunade e dará início a uma nova missão. Vá ao esconderijo de Orochimaru novamente e vá até a porta que estava fechada.

Após você percorrer todo o caminho que percorreu com Sasuke, você irá lutar com outros 2 caras, e mais a frente irá aparecer uma animação.

PS: Ao percorrer o caminho que você fez com Sasuke, se usar a habilidade de Detectar com Sai ou Naruto, perceberá que alguns mapas possuem paredes falsas, e que atráz delas, existem baús secretos

Após a animação, você percebe que os mokuton henge aumentaram para 61

São eles -

Sasuke-Que se encontra no primeiro quarto do esconderijo de Orochimaru

Sasuke Shippuuden-Que se encontra depois da porta que estava trancada

Kabuto-Que se encontra perto da entrada do esconderijo de Orochimaru

Orochimaru-Que se encontra aonde você batalhou com Sasuke.

Akasuna no Sasori + Deidara

Kisame + Itachi

Sakura + Naruto

Chiyo + Sakura

Orochimaru + Sasuke

Jutsus em dupla:

Shikamaru + Chouji

Naruto + Gaara

Naruto + Sasuke

Naruto + Sai

Tsunade + Jiraya